پس از دستگیری به خاطر تلاش برای ترور ریکاگه، رهبر کوموگاکوره، و همچنین کشتن جونین‌های کیریگاکوره و ایواگاکوره، ناروتو در هوزوکی‌جو، یک تأسیسات نگهداری مجرمان به نام زندان خون، زندانی می‌شود. مویی، استاد قلعه، از تکنیک نهایی زندانی کردن برای دزدیدن قدرت از زندانیان استفاده می‌کند، که در این زمان ناروتو متوجه می‌شود که زندگی‌اش هدف قرار گرفته است. بدین ترتیب، نبرد برای کشف حقیقت پشت قتل‌های مرموز و اثبات بی‌گناهی ناروتو آغاز می‌شود.